Le BRGM, établissement public de référence dans les sciences de la Terre, rassemble 1 100 personnes expertes réparties dans 25 entités en France métropolitaine et outre-mer. Son activité porte sur la connaissance géologique et la compréhension des phénomènes liés au sol et au sous-sol, notamment face aux changements environnementaux.
À Orléans, sa Direction de l’Eau, au sein de l’unité Qualité des Eaux Souterraines, recherche une personne en alternance pour optimiser l’extraction et la conservation d’ARN messagers issus d’échantillons environnementaux d’eaux souterraines de la nappe de Beauce, en vue d’analyses de métatranscriptomique.
Mission
Dans le cadre du projet DEEPTHOUGHT (Water4All), la personne recrutée contribuera à mieux comprendre les dynamiques des nitrates et l’activité des communautés microbiennes dans les eaux souterraines, en lien avec les pressions anthropiques.
Elle participera à la validation d’un protocole d’échantillonnage, de conservation et d’extraction des ARN. Les travaux comprendront le test de différents modes de conservation après échantillonnage, la comparaison de deux kits commerciaux d’extraction, ainsi que la quantification des ARN et les étapes de digestion et purification à la DNase.
Les échantillons seront prélevés sur différents points d’eau du site du BRGM par pompage, puis filtrés directement sur place à l’aide d’une pompe péristaltique et de filtres Sterivex®. Les conditions de fixation varieront selon le mode utilisé et le délai entre l’échantillonnage et la fixation.
La personne réalisera des qPCR sur le gène codant l’ARNr 16S afin de contrôler la présence résiduelle d’ADN, puis une RT-qPCR pour obtenir de l’ADNc et évaluer la qualité et l’amplifiabilité des ARN. L’efficacité des kits et des conditions de fixation sera comparée à partir des rendements obtenus en ARN et en ADNc.
